自然科學領域	計畫主持人
理論天文物理研究所	清華大學 李太楓教授
宇宙學與粒子天文物理學	台灣大學 黃偉彥教授
尖端材料的奈米基礎科學研究	台灣大學 彭旭明教授
工程及應用科學領域	計畫主持人
多媒體生活環境的數位內容科學	台灣大學 李德財教授
前瞻電信微波科技發展計畫	台灣大學 陳俊雄教授
下一世代資訊通訊網路尖端技術與應用	清華大學 陳文村教授
建構兆位元紀元的光電科技	交通大學 潘犀靈教授
生命科學領域	計畫主持人
以功能性基因體學及蛋白質體學解析訊息傳遞與疾病之關係	台灣大學 林榮耀教授
肝基因體及附基因體學：從基礎研究到臨床應用	陽明大學 徐明達教授
慢性B型和C型肝炎之藥物基因體研究	台灣大學 陳培哲教授
染色體及葉綠體基因工程技術在植物保護及分子育種之開發利用	中興大學 葉錫東教授
人文及社會科學領域	計畫主持人
華人本土心理學研究追求卓越計畫	台灣大學 黃光國教授
人類認知、神經機制與社會運作的共建歷程	台灣大學 鄭昭明教授